Biblioteka Medyczna UJ CM w 2008 roku uruchomiła pierwszą pełnotekstową bazę prac doktorskich rejestrującą rozprawy obronione na Wydziale Lekarskim, Wydziale Farmaceutycznym, Wydziale Nauk o Zdrowiu (dawny Wydział Ochrony Zdrowia) Collegium Medicum UJ. Baza działała w oparciu o system Alfresco, obejmowała prace doktorskie z lat 2004-2011. W 2012 roku przeprowadzono migrację zbiorów do systemu dLibra, tworząc Cyfrową Bibliotekę Medyczną.

Obecnie kolekcja Baza prac doktorskich obejmuje rozprawy doktorskie od 2004 roku oraz wybrane z lat wcześniejszych, zdigitalizowane i wprowadzone w ramach retrokonwersji.

Zasób Cyfrowej Biblioteki Medycznej stanowi pięć kolekcji: Baza prac doktorskich, Medyczne zasoby internetowe, Wystawy, Historyczny księgozbiór Biblioteki Medycznej oraz Baza ilustracji medycznych.

Kolekcja Medyczne zasoby internetowe powstała w latach 2012-2013 w ramach realizacji Zadania Badawczego SYNAT pt: "Utworzenie uniwersalnej, otwartej, repozytoryjnej platformy hostingowej i komunikacyjnej dla sieciowych zasobów wiedzy dla nauki, edukacji i otwartego społeczeństwa wiedzy". Stworzona została w oparciu o wybór polskich i zagranicznych portali, serwisów, dokumentów elektronicznych i systemów informacyjnych z obszaru medycyny, farmacji i nauk o zdrowiu. Prezentowana jest w postaci standardowych opisów wraz z linkami do zasobów.

Kolekcja Wystawy zawiera materiały związane z jubileuszową wystawą Spojrzenie w Przeszłość - Zbiory, Ludzie, Wydarzenia, zorganizowaną w 2010 roku, w celu upamiętnienia dwusetnej rocznicy powołania Biblioteki Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie.

Kolekcja Historyczny księgozbiór Biblioteki Medycznej powstała podczas realizacji projektu "Historyczny zbiór Biblioteki Medycznej UJ CM (XIX/XX w.) – opracowanie, digitalizacja, udostępnienie" w ramach programu Społeczna Odpowiedzialność Nauki moduł Wsparcie dla bibliotek naukowych finansowanego ze środków ministerialnych na lata 2023-2025. Kolekcja zawiera zbiory medyczne z XIX i początku XX wieku (do 1945 roku) objęte projektowymi działaniami konserwatorskimi od 2018 r.

Kolekcja Baza ilustracji medycznych powstała podczas realizacji projektu "Historyczny zbiór Biblioteki Medycznej UJ CM (XIX/XX w.) – opracowanie, digitalizacja, udostępnienie" w ramach programu Społeczna Odpowiedzialność Nauki moduł Wsparcie dla bibliotek naukowych finansowanego ze środków ministerialnych na lata 2023-2025. Kolekcja zawiera ilustracje medyczne ze zbiorów z XIX i początku XX wieku (do 1945 roku) objętych projektowymi działaniami konserwatorskimi od 2018 r.